EU er det vigtigste regionale forum for dansk skibsfart. Søfartsstyrelsen arbejder EU-strategisk med at sikre de bedste betingelser for dansk skibsfart.
Det handler både om den daglige håndtering af nye, konkrete forslag fra EU-Kommissionen, om tidlig interessevaretagelse af særligt prioriterede sager og mere generelt om at sikre, at EU's rammebetingelser for at drive skibsfart følger med tiden, så den europæiske – og dermed danske – konkurrenceevne styrkes på globalt plan.
Helt overordnet prioriteres det fra dansk side, at EU holder et globalt perspektiv på regulering mv., og at EU på det maritime område kan konkurrere med andre regioner på gode rammevilkår.
Søfartsstyrelsen er formand for regeringens EU-specialudvalg for skibsfartspolitik, som bl.a. inddrages i forbindelse med nye EU-forslag på det maritime område.
Søfartsstyrelsens direktør er desuden Danmarks repræsentant i det europæiske maritime sikkerhedsagentur (EMSA), som blev oprettet i 2002. EMSA arbejder for at sikre et højt, ensartet og effektivt niveau for søfartssikkerhed og forebyggelse af forurening fra skibe og olie- og gasinstallationer i EU. Agenturet yder bl.a. teknisk, operationel og videnskabelig bistand til EU’s medlemsstater og Kommissionen og afholder kurser og workshops om den maritime lovgivning i EU.